喜歡魔術的高中生黑羽快斗，偶然發現了藏在自己房間裡的密室。這個密室是他的父親──世界知名的魔術家黑羽盜一，在8年前一次事故中神秘死去前所使用的。密室中存放著8年前消失的神秘大盜怪盜基德的裝備和服裝。黑羽快斗穿上怪盜基德的服裝，並與父親多年前的助手，如今正在假扮怪盜基德的寺井黃之助相遇，才知曉自己的父親當年是死於謀殺。為了揭開父親的死因，黑羽快斗決定繼承父親怪盜基德的身份，並且調查父親的死因。

在調查的時候，黑羽快斗偶然和一支稱他為「黑羽盜一」的神秘組織相遇。原來這個組織，為了尋找一種可以帶來長生不老的神秘寶石命運之石「潘朵拉」，而將妨礙到他們的黑羽盜一殺死。快斗因此開始了與神秘組織的交鋒，試圖阻止他們的野心。